La segunda fase, que ahora se ejecutará, amplía el uso del ozono en todo el proceso de potabilización del agua, no solo en su entrada en la planta de tratamiento como se hace desde el 1 de enero del 2009. El ozono destruye mejor la materia orgánica que trae el agua, pero para eliminar cualquier resto que pueda quedar se va a completar con la utilización de carbono activo granulado como filtro que absorba los elementos que queden. Ahora en los tanques de filtración se utiliza arena de sílice.
Para que se dé el problema de olor y sabor en el agua deben confluir altas temperaturas y que el nivel del Guadiloba esté bajo, ambos favorecen la aparición de materia orgánica (algas) en el agua bruta del embalse. Este verano se podría producir la misma situación que ha ocurrido en el último semestre del pasado año. Los resultados de la segunda fase no se notarán hasta 2011. La ejecución de esta segunda fase se intenta desde hace 2 años, no entró en el primer plan E, lo que llevó al ayuntamiento a negociar con la confederación su realización.