Uno de los métodos más utilizados para tratar al agua contaminada es el de cloración, y aunque no es el mejor, es uno de los de menor costo. Éste proceso puede ser contraproducente, ya que el cloro reacciona con la materia orgánica en las aguas de desecho y en el agua superficial produce pequeñas cantidades de hidrocarburos cancerígenos. Algunos otros desinfectantes como el ozono, el peróxido de hidrógeno (agua oxigenada) y luz ultravioleta se empiezan a utilizar, pero son más costosos que el cloro.
La actividad humana afecta en gran medida al medio ambiente. Las sustancias tóxicas, floración algácea, sedimentación son todos los resultados finales de actividades humanas. Estos agentes contaminantes no son los males verdaderos de la contaminación de agua sino la gente detrás de cada disposición y negligencia cotidiana. A menos que el hombre entienda que no es la prohibición de agentes contaminantes ni de prohibir las producciones industriales que deben ser mejoradas para no provocar contaminación. Solamente el comportamiento y la actitud que el hombre posea hacia su medio ambiente, los ríos, los lagos, y otros circuitos de agua, no tienen ninguna esperanza de ser salvado y condena así su propia existencia.